Presidente de la República de 1859 a 1863, convocó la Asamblea Constituyente que elaboró la Constitución de 1859, que redujo el período presidencial de seis a tres años y  prohibió la reelección presidencial. Se graduó de médico cirujano en Inglaterra; heredó una inmensa fortuna, en haciendas y empresas exportadoras de café. Asumió el poder después del golpe de Estado de agosto de 1859 contra Juan Rafael Mora, hasta 1863. Durante su administración se resolvieron muchos compromisos económicos adquiridos por el país con motivo de la guerra contra los filibusteros; trató con extremada rudeza a los partidiarios del expresidente Juan Rafael Mora -a quien fusiló en 1860 junto con  José María Cañas-, lo cual dividió la sociedad costarricense por varios años. El régimen de Tomás Guardia lo obligó a exiliarse en  Estados Unidos, donde murió en California, en 1887. En 1978 sus restos fueron traídos al país y enterrados en un cementerio privado.