Presidente de la República de 1849 a 1853 y de 1853 a 1859, se le recuerda en la historia costarricense especialmente por haber logrado preservar la soberanía nacional cuando en 1856 dirigió, junto con el general José María Cañas, la lucha contra los filibusteros encabezados por William Walker, a quien lograron derrotar después de varias batallas. Durante su gobierno se marcó un hito importante en el desarrollo de la infraestructura de Costa Rica. Desde el punto de vista político su administración se caracterizó por los logros adquiridos en la centralización del poder, la predeterminación para reorganizar las fuentes de ingresos del gobierno, fortalecer el aparato militar y el desarrollo de las instituciones jurídicas y públicas.  Como integrante de una élite de cafetaleros y comerciantes, vio la importancia de convertir el Estado en un elemento decisivo para el desarrollo de la agricultura de exportación basada en el cultivo del café. Fue Vicepresidente durante la administración de José María Castro Madriz; cuando subió al poder, era el agricultor más poderoso del país y miembro de uno de los tres clanes familiares cafetaleros que dominaban el comercio en esa época: la familia Mora, la familia Montealegre y la familia Tinoco- Iglesias. Durante su gobierno construyó el edificio de la Fábrica de Licores, del Lazareto, de la Universidad de Santo Tomás, el Palacio Nacional, un teatro y puentes sobre varios ríos. Además, incrementó el cultivo del café, mejoró la carretera de Cartago a Puntarenas, ratificó el Tratado Cañas-Jerez de 1858, que fijó los límites definitivos entre Costa Rica y Nicaragua. Durante sus años de gestión, además, se creó la diócesis de Costa Rica (1850) cuyo primer obispo fue Anselmo Llorente y Lafuente.  En 1852 mandó a construir en Puntarenas el Hospital de San Rafael y señaló las rentas para su mantenimiento y construcción. También mandó a edificar el “Teatro de Mora”, según algunos por consejo del periodista Adolphe Marie, lo asesoraba.  El teatro fue diseñado y construido por el coronel Alejandro Escalante, con el modelo de un teatro de Lima, Perú; se inauguró en diciembre de 1850; durante la guerra contra los filibusteros, el gobierno suspendió la presentación de compañías extranjeras; con su caída, se cambió el nombre a Teatro Municipal; se destruyó en el terremoto de 1888. Desde muy joven se vinculó a la vida política, participó en los hechos que condujeron a la caída de Braulio Carrillo, Francisco Morazán y José Rafael Gallegos. Acumuló una enorme fortuna gracias a las diversas actividades económicas, principalmente como propietario de tierras, productor y exportador de café y  comerciante. Junto con Vicente Aguilar, constituyó la "Sociedad Mora y Aguilar", una de las más importantes y poderosas de la época. Su gestión gubernamental estuvo llena de controversias y de oposición por parte de diferentes sectores económicos, políticos y militares del país que se sentían amenazados por su poder político y económico. En 1859 fue derrocado por un cuartelazo organizado por los militares Máximo Blanco y Lorenzo Salazar y fusilado por un pelotón del Gobierno en Puntarenas el 30 de setiembre de 1860, después de un intento de reconquistar el poder en compañía de José María Cañas.